巡之丘学园生活社成员的丈枪由纪,将与顾问老师佐仓惠、社长若狭悠里及随身带著圆锹的恵飞须泽胡桃一起度过乍看之下快乐无比的校园生活但事实上学校早已被一群僵屍所包围,但由纪却犹如失忆般的活在正常生活的幻想之中。其馀成员们为了保护她,必须一边与渐渐进逼的僵屍及生活问题对抗,一边维持正常学生生活以避免刺激到由纪。一场在幻想与现实中交错的故事,一群少女身处在名为学园的孤岛上的艰困生活才正要开始……《学园孤岛》是部设定相当疯狂的动画片,观众可从中观察到弱肉强食的社会也可看到独立成长的重要性。《学园孤岛》完美的诠释了一个心灵的成长史,营造一个光怪陆离的世界,这部动画是导演最为出色的佳作。故事简单而深刻,传递着满满正能量的情感,《学园孤岛》有着对爱的探讨,童稚之爱的原则是:“因为我爱,所以我爱。”成熟之爱的原则是:“因为我爱,所以我被爱”。侧面反映出了勇敢的品质会得到奇异世界的尊重。